办公室：负责后勤管理与科室协调工作。
组织人事科：负责人事、党务管理工作。
财务审计科：负责财会工作。
信息质量科：负责疾控工作考核、人员培训及质量控制。
传染病防治与监督科：负责传染病防制工作。
应急办公室（地方病防治科）：负责卫生应急与地方病防治工作。
免疫规划科：负责免疫规划管理工作。
艾滋病与性病防治科：负责艾滋病、性病防制工作。
结核病与慢病防治科：负责结核病与慢性病防治工作。
疾病检测科：负责病原微生物检测工作。
卫生检验科:负责理化检验工作。
健康教育科：负责健康教育与健康促进工作。
职业健康科：负责职业病防治工作。
虫媒生物防制与消杀科：负责虫媒生物防制与消杀工作。
卫生监测科：负责卫生监测工作。
预防性健康体检中心：负责预防性健康体检工作。
法制综合科：
稽查审核科
公共场所与生活饮用水卫生监督科：
妇幼健康监督科：
医疗卫生监督科：
中医监督科：
学校卫生监督科：
指导一科：
指导二科：