根据抚编办【2021】81号文，2021年事业单位机构改革重新组建抚州市疾病预防控制中心，核定内设机构16个，副科级职数16名。

办公室：负责后勤管理与科室协调工作。

组织人事科（党务办公室）：负责人事、党务管理工作。

财务审计科：负责财会工作。

信息质量科：负责疾控工作考核、人员培训及质量控制。

传染病防制科：负责传染病防制工作。

应急办公室（地方病防治科）：负责卫生应急与地方病防治工作。

免疫规划科：负责免疫规划管理工作。

艾滋病防治科：负责艾滋病、性病防制工作。

结核病（慢性病）防治科：负责结核病与慢性病防治工作。

疾病检测科：负责病原微生物检测工作。

卫生检验科:负责理化检验工作。

健康教育科：负责健康教育与健康促进工作。

职业卫生科：负责职业病防治工作。

虫媒生物防制与消杀科：负责虫媒生物防制与消杀工作。

卫生监测科：负责卫生监测工作。

预防性健康体检中心：负责预防性健康体检工作。